Conforme o Estatuto da Fundambras a estrutura organizacional da Entidade é composta por um Conselho Deliberativo, um Conselho Fiscal e uma Diretoria-Executiva.

O Conselho Deliberativo, é o órgão máximo e cabe o controle, a deliberação e a orientação administrativa da Entidade.

O Conselho Fiscal, é o órgão de controle interno e cabe acompanhar a gestão econômico-financeira da Entidade, com o intuito de preservar a saúde financeira e o direito dos participantes da entidade.

À Diretoria-Executiva, é responsável pelos atos normais de administração, cumprir e fazer executar as diretrizes fundamentais e as normas gerais determinadas pelo Conselho Deliberativo.

O Conselho Deliberativo e o Conselho Fiscal são compostos por membros escolhidos a cada 3 anos pelas patrocinadoras e participantes (um terço) e a Diretoria Executiva é determinada pelo Conselho Deliberativo da Fundambras, possui mandato por prazo indeterminado.

Atual composição da Estrutura Organizacional:

Conselho Deliberativo - Mandato 01/04/2016 a 31/03/2019
Vicente de Paulo Galliez Filho Presidente
Ana Cristina Sanches Noronha Vice Presidente
Flávio Ricardo Rosseto Teixeira Conselheiro - Patrocinadora
Ronaldo Silva Duarte Conselheiro - Patrocinadora
Marcelo Amaral Palladino Conselheiro - Patrocinadora
João Claudio Vieira Conselheiro - Participante
Vasco de Castro Ferraz Junior Conselheiro - Participante
Luiz Alberto Roselli Conselheiro - Participante
Conselho Fiscal - Mandato 01/04/2016 a 31/03/2019
Adilson Trevisan Presidente
Carlos Eduardo Reis de Souza Conselheiro - Patrocinadora
Francisco Ferreira Santos Conselheiro - Participante
Jessimar Dias Pereira Conselheiro Suplente - Participante
Diretoria Executiva
Carlos Alberto Hilário de Andrade Diretor Presidente
Aldo Aparecido de Souza Junior Diretor Vice Presidente
Antonio Sergio Perine de Castro Diretor